Bijna de helft van de mensen met PTHS heeft epilepsie, met verschillende soorten aanvallen die ook variëren in ernst. Iemand met PTHS kan al in het eerste levensjaar of op jonge leeftijd een eerste aanval krijgen. Aanvallen kunnen gemakkelijk verkeerd worden gediagnosticeerd als er apneu is, omdat zowel de lippen als de huid blauw kunnen worden. Kinderen met PTHS kunnen vlak voor een aanval apneus of hyperbreathing vertonen, maar de abnormale ademhaling maakt op zich geen deel uit van de aanval. Elektro-encefalografische (EEG) patronen bij mensen met PTHS zijn veelal abnormaal, en de patronen zullen in de loop van de tijd veranderen. Als het EEG normaal is moet de arts oppassen dat deze zich realiseert dat er ook geen epilepsieaanval hoeft te zijn, maar ook een apneu kan zijn. De EEG-patronen zijn meestal niet specifiek voor een bepaald type aanval. Omdat het moeilijk is om het verschil te zien tussen aanvallen en apneu is het goed om bij twijfel een EEG te laten maken en, met dit in het achterhoofd, te beoordelen. EEG-studies moeten alleen worden uitgevoerd wanneer er duidelijke epilepsie aanvallen zijn of wanneer men blijft twijfelen als iemand met PTHS epilepsie aanvallen heeft of apneus vertoont. Het is verder niet nodig om bij iedereen met PTHS een EEG te maken: een arts zal geen EEG behandelen maar alleen epilepsieaanvallen worden behandeld. Valproïnezuur, levetiracetam, lamotrigine en carbamazepine zijn de meest gebruikte medicijnen tegen epilepsie, maar er zijn onvoldoende gegevens om aan te kunnen geven of het ene medicijn beter werkt dan de andere. Dat zal per kind of volwassenen met PTHS uitgeprobeerd moeten worden. Epilepsie aanvallen kunnen net zo worden behandeld als bij ieder ander met epilepsie; er is geen goed bewijs dat het ene geneesmiddel tegen epilepsie beter werkt dan het andere.

Andere neurologische problemen komen niet zo vaak voor bij mensen met PTHS. Zeven van de 49 mensen met PTHS die de wereldconferentie van 2018 hebben bijgewoond, bleken tremor (trillende handen) te hebben die in de loop der tijd niet erger werd. Er is een merkbaar verschil in spierspanning bij mensen met PTHS: driekwart heeft een lage spierspanning (hypotonie) in de romp, en net onder 10% juist een hoge spierspanning (hypertonie). Een derde heeft deze hoge spierspanning in armen en benen. Er is gesuggereerd dat het verschil in spierspanning het gevolg is van een verstoring van het autonome zenuwstelsel.

Slaapproblemen komen voor bij een klein aantal mensen met PTHS, maar veel ouders zeggen juist dat hun kind erg goed slaapt. Sommige ouders vermelden dat hun kind niet de hele nacht door slaapt of nachtmerries heeft. Melatonine werd gebruikt door 10 van de deelnemers aan de wereldconferentie in 2018: in twee gevallen had het goed gewerkt, in zes gevallen had het geen effect en in de overige twee was het resultaat onzeker. De slaap is nog niet in detail onderzocht bij mensen met PTHS.

Er zijn bij een aantal mensen met PTHS-hersenscans (MRI) gemaakt. In sommige gevallen zijn er kleinere veranderingen in de vorming van de hersenen gezien, maar in de meeste gevallen laten de scans gewoon normale resultaten zien. Er moet daarbij wel bedacht worden dat veranderingen kleiner dan 1 mm niet zichtbaar zijn op een MRI. Bijna altijd zijn de resultaten van een MRI niet belangrijk voor de zorg aan een kind met PTHS. Er wordt daarom aangehouden dat een MRI alleen nodig is als er neurologische verschijnselen zijn, zoals herhaalde aanvallen van epilepsie, maar niet bij alle kinderen met PTHS. Een MRI is ook niet nodig alleen omdat een kind een microcefalie (klein hoofd) heeft. MRI’s hoeven alleen te worden gemaakt als er neurologische verschijnselen zijn. Microcefalie (klein hoofd) op zich betekent niet dat bij een kind een MRI gemaakt moet worden.